Henderson đã đề xuất nhiều tín ngưỡng của Pastafarian nhằm phản bác các lý lẽ của những người ủng hộ thiết kế thông minh.[19] Những "đức tin quy tắc" này được Henderson trình bày trong bức thư cho Hội đồng Giáo dục Kansas,[7] Phúc âm của Flying Spaghetti Monster, và trên website của Henderson, nơi mà anh được miêu tả như là một nhà tiên tri.[20] Những tín ngưỡng này thường chế giễu chủ nghĩa thiết kế thông minh.[2]

Đức tin chính của tôn giáo là vũ trụ được tạo ra bởi một con Yêu quái vô hình và không thể tìm ra được với tên gọi là "Flying Spaghetti Monster", sau "một cuộc nhậu nhẹt". Theo các đức tin này, sự say xỉn của Yêu quái là lý do Trái Đất không được hoàn thiện. Thêm vào đó, tất cả những chứng cớ về tiến hóa đã được Yêu quái đặt ra trên Trái Đất nhằm để thử thách niềm tin của những tín hữu — việc này nhại lại niềm tin của những người tin tưởng toàn bộ vào Kinh thánh.[21] Trong những sự đo lường khoa học, Yêu quái đã hiện diện và "thay đổi kết quả với bàn tay mì sợi của Ngài".[7] Theo tín ngưỡng Pastafarian, trên Thiên đường có một núi lửa phun bia và một nhà máy tạo những vũ công thoát y.[20] Theo họ, địa ngục cũng tương tự, nhưng bia đã bị nhạt nhẽo và các vũ công thoát y bị nhiễm bệnh lây truyền qua đường tình dục.[22]

Tín ngưỡng của tôn giáo còn được mở rộng qua những nghi thức lễ tiết. Mỗi ngày thứ sáu là một ngày lễ.[2] Khi cầu nguyện, lời kết thúc phải là chữ "R'amen"; được ghép lại từ chữ "Amen" khi kết thúc cầu nguyện theo Thiên chúa giáo, và món mì ăn liền Nhật Bản ramen.[11]

Hải tặc và sự ấm lên toàn cầu

Theo tín ngưỡng Pastafarian, hải tặc là "sinh vật hoàn toàn thiêng liêng" và là những tín đồ Pastafarian đầu tiên.[7] Thêm vào đó, những tín hữu tin rằng hình ảnh hải tặc là những kẻ cướp ngoài vòng pháp luật là thông tin sai bị những nhà thần học Thiên chúa giáo thời Trung Cổ và những người Hare Krishna cố tình phát tán nhằm giảm uy tín của tôn giáo này. Thay vào đó, tín đồ Pastafarians tin rằng hải tặc là "những nhà thám hiểm yêu chuộng hòa bình và những nhà truyền bá thiện chí" thường cho kẹo cho trẻ nhỏ, và những hải tặc ngày nay không liên quan gì đến những hải tặc trong lịch sử. Các tín hữu Pastafarian tham gia "Ngày Quốc tế Nói chuyện như Hải tặc" vào ngày 19 tháng 9.[23]

Việc thêm vào hải tặc trong đức tin Pastafarian là một phần của bức thư ban đầu của Henderson, nhằm minh họa ý tưởng "tương quan không đồng nghĩa với hệ quả".[24] Henderson đưa ra lý giải rằng "sự ấm lên toàn cầu, động đất, bão, và những thiên tai khác là kết quả trực tiếp của sự giảm đi của số lượng hải tặc từ những năm 1800."[7] Một đồ thị được kèm theo bức thư cho thấy khi con số hải tặc giảm xuống, nhiệt độ toàn cầu tăng lên. Việc này chế giễu ý kiến của một số tổ chức tôn giáo rằng sự gia tăng của các thiên tai, chiến tranh, chết chóc trên thế giới là vì người ta không tôn kính và thực hành các nghi lễ tôn giáo. Năm 2008, Henderson dùng sự gia tăng của các hoạt động hải tặc ở Vịnh Aden để ủng hộ ý tưởng này, nói rằng Somalia "có số lượng hải tặc cao nhất và lượng phát thải cacbon thấp nhất trong tất cả các quốc gia."[25]